Werden sämtliche Einstellungen bei der/des Aquasuite/Aquaeros beim aktualisieren der Firmware übernommen?

Ja, sämtliche Einstellungen werden übernommen und müssen nicht erneut eingestellt werden.
Bei großen Firmwaresprüngen (>3 Versionen) wird empfohlen nach dem Update der Firmware einen EEprom Reset zu machen und ales per Hand neu einzustellen und nicht das alte Profil zu nutzen.